如果甲方要求用分公司核算，那么供应商可以直接将发票开给分公司。在这种情况下，已经开过的发票给总公司的需要重新开具发票给分公司。 具体来说，供应商可以将发票开给分公司，然后由分公司进行付款。已经开过的发票给总公司的需要作废或者冲红处理，然后重新开具发票给分公司。这样可以确保分公司和总公司在财务上的核算清晰明了。 需要注意的是，具体操作还需要考虑合同条款和相关法律法规的规定。建议在操作前先与甲方、供应商以及相关财务人员进行充分沟通，以确保操作的合法性和合规性。如果甲方要求用分公司核算，那么供应商可以直接将发票开给分公司。此时，总公司与供应商之间的供货合同仍然存在，只是发票的开具方和接收方变为了分公司。 对于已经开给总公司的发票，可以进行以下处理： 1.追回已开发票并作废：如果总公司还没有将发票交给分公司，那么可以联系总公司，追回这些发票并作废。然后，供应商可以将新发票开具给分公司。 2.变更合同方并重新开具发票：如果总公司已经将发票交给分公司，那么供应商可以与甲方协商变更合同方，并将发票重新开具给分公司。同时，需要将原发票收回或注明作废。 3.分摊费用：如果供应商不能将原发票作废，可以考虑将原发票的费用分摊到新合同中。例如，原合同总金额为1000元，其中500元已开具发票给总公司，现在需要将这500元分摊到新合同中，并在新合同中重新开具发票给分公司。