如果分公司是非独立核算，且取得了专票、没有开发票，那么分公司的增值税申报可以直接零申报。 根据《财政部、国家税务总局关于固定业户总分支机构增值税汇总纳税有关政策的通知》（财税〔2012〕9号）规定，固定业户的总分支机构不在同一县（市），但在同一省（区、市）范围内的，经省（区、市）财政厅（局）、国家税务局审批同意，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税。因此，如果分公司已经备案汇总申报在总公司申报增值税和企业所得税，那么分公司的增值税申报可以直接零申报。