如果房开公司的工程部门员工为支付零星的小额工程开支而进行业务借款，并将其款项转到其工资卡，这并不会直接影响到个人所得税。 个人所得税的缴纳是根据个人的收入和适用税率来计算的，而不是根据个人是否使用借款来支付费用。因此，只要该员工的收入符合个人所得税的缴纳标准，那么他应该按照规定缴纳个人所得税。 需要注意的是，如果该员工的借款金额较大，超过了其个人的支付能力，导致其生活困难或者无法按时缴纳个人所得税，那么他可以向公司申请借款，但是公司应该按照规定将该借款计入员工的债务，并按照工资处理。同时，员工也应该注意保护自己的合法权益，避免因借贷而产生不必要的纠纷。