独立核算的各个门店，费用发生在总部，发票也开在总部，可以把这个费用按照一定的规则分摊给门店。 例如： 1.按照门店的营业收入进行分摊，将总部的费用按照各门店的营业收入比例进行分配； 2.按照门店的员工人数进行分摊，将总部的费用按照各门店的员工人数比例进行分配； 3.按照门店的利润进行分摊，将总部的费用按照各门店的利润比例进行分配； 4.按照门店的面积进行分摊，将总部的费用按照各门店的面积比例进行分配。 具体选择哪种分摊方式，需要根据实际情况进行考虑和权衡。