根据您提供的信息，您可以通过以下步骤操作退税： 首先，您需要将收到的所有文件准备好，包括报关单、车辆载货清单、代理出口证明和您国内的进项发票。 然后，您需要将这些文件提交给您的税务机关或相关部门进行审核。审核通过后，您将获得退税。 关于供应链的代理费和运输费发票的问题，这些费用是由您国内公司支付的，因此不应该影响您的退税。但是，为了确保您的退税不受影响，您可以要求供应链分开开具发票，将代理费和运输费分别列明。这样可以让您的退税过程更加清晰和准确。 总之，您需要确保您的退税申请符合相关法规和要求，并按照相关程序进行操作。同时，您应该与供应链保持良好的沟通，确保发票信息准确无误，避免因发票问题导致退税受阻。