投入产出法抵扣申报中，期初库存数量是否等于账上的上期期末库存，要根据企业的实际情况确定。 一般情况下，企业申报投入产出法抵扣时，期初库存数量应当与账上期初库存数量一致。 如果企业在上期期末库存的基础上，进行了库存调整（如盘点发现库存数量与账面不一致，进行了相应的账务处理），则申报投入产出法抵扣时，期初库存数量应当与调整后的库存数量一致。 因此，申报投入产出法抵扣时，期初库存数量是否等于账上的上期期末库存，要根据企业实际情况和库存调整情况确定。