我司是一家工业企业，买了地块准备建设厂房，厂房建设给A单位总包建设，合同规定我司应支付总包建设款比如100万（含电费），过程中因为对方施工原因我司罚款A比如20万元。另外，因为A没有电费户头等原因无法缴纳电费，故我司先垫付比如1万元电费，发票抬头是供电公司开给我司的电费发票， 我司实际应该支付A单位进度款是100-20-1=79万元 但是现在不知道资金流和发票流怎么操作的 ?