根据财税〔2017〕37号、财税〔2018〕32号、财政部税务总局 海关总署公告2019年第39号规定： 一般纳税人购进农产品，取得小规模纳税人（简易计税；适用3%征收率）开具的专用发票，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。 虽然针对小规模纳税人出台了3%减按1%征收的政策，但，并没有相应的更改 财税〔2017〕37号规定的3%的专票可以抵扣9%进项的规定。 那1%的专票到底可以不可以抵扣9%的进项税？官方给了明确答复！  从原理上推，国家针对疫情对小规模纳税人出台优惠政策，目的是为了减负，如果1%的专票只能按1%抵扣进项，这无疑增加了下游税负，这也不符合制定此优惠的初衷。 但是，具体还需咨询当地税务机关去确定的。 如何计算抵扣 举例说明： A公司为增值税一般纳税人，取得小规模纳税人B公司开具的一张农产品专用发票，发票金额100000元，税额1000元。 则，A公司可以抵扣的进项税=100000*9%=9000（元）。 注意，此处是用不含税金额来计算进项税额。 购进农产品用于深加工，加计扣除1% 还是上述例子，A公司在购入时，按照9%计算抵扣进项税，领用进行深加工时（加工13%税率的货物），再加计1%进项税额。