三方协议抹账需要三方之间签订一份书面协议，协议中需要明确抹账的原因、当事人的姓名及有效联系方式以及抹账的金额、支付方式等。还应当在协议中明确抹账前和抹账完成后的相关责任，以及抹账后的有效时间。此外，根据实际情况可以添加适用的法律条款。协议签署完毕后，要求当事双方出具相应证明文件，例如账户支付凭证或发票等，以及协议有效性证明文件，以便确认抹账情况。