是的，留抵税在办理退税后并不会消失，也依然有效。它的存在使得企业可以把原本应缴纳的附加税用于留抵税，从而减少税收负担。例如，当企业在征税期间缴纳了增值税后可以申请退税，但在期末依然要交纳附加税，企业可以用税局留抵的增值税缴纳期末的附加税。这也是个企业重新回收利用税收的好的方式，充分节省企业的财务资源，提高企业的税收优势。