办理退税商店资格备案的流程首先要持有营业执照，然后在财政部门登记机构代码，完善组织机构代码档案，并在工商行政管理局核发全国统一社会信用代码和税务登记证。此外，还需要递交相关资料，如营业执照、组织机构代码证、税务登记证、全国统一社会信用代码证件等，最后需要在相关部门签署一份表格，并经过审核后即可完成退税商店资格备案的流程。 拓展知识：根据《中华人民共和国国家税务总局关于确定国家税务总局办税服务厅接收税务登记材料相关事项的通知》的相关规定，办理税务登记材料时要持有营业执照、组织机构代码证和税务登记证三张证书。