自然人开具发票时需要缴纳的税款主要有增值税、消费税、营业税等。增值税的税率一般为3%或6%，消费税的税率一般为3%或5%，营业税的税率为5%。此外，还有其他的税款，如个人所得税、城市维护建设税和地方教育费附加等。 拓展知识：开具发票时，自然人还需要缴纳城市维护建设税，城市维护建设税的税率一般为5%或10%，可根据不同地区的法律法规而定。另外，自然人还需要缴纳地方教育费附加，地方教育费附加的税率也是因地而定，比如北京地区的税率为3%。