根据国家税收征收法规定，对于小规模纳税人，利润总额不超过40万的，应当缴纳的企业所得税是按照5%的税率提取。也就是说，小规模做出40万的利润，需要缴纳的税款为40万 × 5% = 2万元。此外，还需要缴纳个人所得税，根据我国现行企业所得税法规定，月应纳税所得额不超过2000元的，免征个人所得税，所以小规模做出40万的利润，还需要缴纳的个人所得税为0元。