在做村集体经济组织的账务时，如果发现公积公益金不足以弥补亏损，则需要采取一些措施来解决问题。首先，应该对当前的财务状况进行全面的审核，以找出原因并对症下药。其次，应当采取有效的措施加强财务管理，避免出现类似的情况。此外，应当把控资金使用，加强对各项投入的控制，避免投入过多而出现亏损。最后，应当及时补充公积公益金，以保证村集体经济组织的正常运转。