根据《关于股权转让增值税等会计处理的函》（财政部、税务总局令第141号）的规定，甲公司的股权转让税务处理规定如下： 1）已办理股权转让登记的，应申报相应的增值税，个人股东应向乙公司缴纳印花税； 2）已办理股权转让登记未缴纳增值税的，乙公司应向税务机关申报相应的增值税，甲公司应缴纳印花税； 3）未办理股权转让登记或者不涉及转让的，乙公司应向税务机关申报增值税，甲公司应缴纳印花税。 对于个人股东而言，乙公司不会代扣代缴A的个人所得税，而是需要A自行向税务机关缴纳相应的税费，然后才能完成股权转让。 印花税的缴纳规定是，甲公司应在股权转让时向税务机关申报印花税，并按照规定的印花税税率办理缴款手续。