自然人税收管理系统扣缴是指企业或个人在自然人税收管理系统（如社保、公积金等）中根据相关法规，定期向税务机关缴纳当地应纳税款额。例如，在某企业中，每个月有一名员工，该企业需要将其工资列入自然人税收管理系统。首先，企业应通过社保等相关税收管理系统，根据该员工的个人资料和工资情况，计算出其应缴纳的税款总额；第二，企业将计算出的税款总额，定期向当地的税务机关报税；最后，企业将应扣除的税款从该员工的工资中扣除，以便企业向税务机关缴纳税款。