员工起诉的经济补偿金可以归入应付职工薪酬这一科目，即应付职工薪酬下的其他应付款项。这一科目主要记录职工因受到企业以外的强制力而获得的经济补偿金等。例如，企业遭受职工起诉，最终结算后可能会支付一笔经济补偿金，此时就可以归入应付职工薪酬下的其他应付款项。另外，企业也可能会遇到因职工事故、疾病或意外伤害而需要支付经济补偿金等情况，此时也可以归入此科目记录。