一般来说，增值税专用发票可以作废，但要按照国家有关法规来进行。发票作废的原因有：一方责任原因，需要申请作废；双方协商作废；从增值税管理部门发出开具作废通知书。增值税发票作废时，国家有关激励政策不再有效，如先行认证，三重一大等政策均不再适用，作废后，原发票上存在的税款也不能再索取，保留发票红色原件、蓝色副本和申请作废的书面文件，以备后查。 例如，甲乙双方购销合同因某种原因未能签订，乙方要求甲方发票作废，双方经过协商后可以协商签订“发票作废协议”，并在双方签字后，由甲方向增值税主管部门提出申请作废的书面文件，经增值税主管部门审核同意后，增值税发票作废，甲方仍要保留发票红色原件、蓝色副本和作废申请文件以备后查。