增值税电子专用发票冲红和纸质增值税专用发票冲红之间有一定的区别。首先，增值税电子专用发票冲红需要通过发票管理系统进行完成，而纸质增值税专用发票冲红则需要将原有发票贴“冲红标签”，再加盖“已冲红”章，该章由开票单位负责人签字确认。其次，增值税电子专用发票冲红的操作需要比纸质增值税专用发票冲红要复杂的多，而且可避免发生发票被篡改或伪造的风险。最后，增值税电子专用发票冲红操作可以缩短时间，而纸质增值税专用发票冲红需要经过一定程序才能完成。 拓展知识：在增值税电子发票冲红的操作中，还要注意发票的控制代码，因为发票的控制代码是一个必须的识别元素，这个控制代码会标识一种特定的发票类型，以及发票的详细信息。