一般来说，房屋租金和水电费不能计入研发费加计扣除的直接投入费用，但是也有特殊情况。根据税法规定，企业可以将涉及到研发活动的房屋租金和水电费在研发费加计扣除中计入直接投入费用，条件是这些房屋必须为该企业的研发活动特别提供，房屋租金和水电费应当从研发活动开始就长期稳定支付，而且支付金额要符合税务局规定的市场价格。只有满足上述条件，房屋租金和水电费才能计入研发费加计扣除的直接投入费用。