注销跨区税源登记的操作步骤如下： 1. 申请人持有效证件到原发票领域税务机关办理注销跨区税源登记。 2. 申请人按照税务机关要求提供相关材料，并签署注销跨区税源登记声明书。 3. 税务机关审核相关材料后，核发注销跨区税源登记凭证。 4. 注销成功后，在原发票领域税务机关对该纳税人的税源登记状态进行修改，把税源登记状态标记为“已注销”。