享受基础研究出资加计扣除优惠政策，企业应留存包括但不限于以下材料：1、科研项目审批文件；2、科研项目实施报告及收支明细；3、科研成果证明材料；4、科研支出发票；5、科研活动费及其他支出的经济性证明材料。 举个例子：某制造企业的研发投入后，研发部门完成了一项发明专利的开发，获得了国家专利证书和发明专利授权书，该企业依据《企业所得税法》第二十八条的规定，申请了基础研究出资加计扣除优惠政策，应当留存上述材料以备外部审计或税务稽查。