跨行转账手续费的做账一般有以下几个步骤： 1、收取跨行转账手续费：收取跨行转账手续费时，应根据相关规定收取对方银行的手续费，并在收取时记录手续费金额及账号。 2、记账：将收取的手续费收入会计科目“银行手续费收入”，借方金额；贷方金额在会计科目“银行存款”。 3、发票开具：根据实际情况开具增值税专用发票，并记录发票号码。 拓展知识：跨行转账手续费计算一般按照国家规定的标准计算，一般是按照转账金额的0.2%~0.5%来收取。而且，随着金融行业的不断发展，跨行转账手续费也在不断降低，以满足消费者的需求。