处理记账凭证填写后的空行，主要应该依据企业的财务制度、会计准则以及财务部门制定的会计政策来进行操作。首先，应根据会计政策，确定记账凭证中的填写内容，以及对于每一行记录的填写格式和要求；其次，根据财务部门制定的会计政策，合理安排记账凭证中的内容，并正确填写每行记录；最后，检查记账凭证中是否存在空行，并确保记账凭证的整体完整性。