员工辞职清算个税具体流程是： 1. 要求员工提供个人证件及社会保障卡； 2. 核对系统的个人信息与实际提供的证件和社会保障卡信息是否一致； 3. 如果需要，收集员工离职前收到的包括工资、年终奖、补贴等个税计算基数； 4. 根据现行个税法律法规，核算出员工应纳税额； 5. 审核管理人员审核税额，根据最新资料完成最终个税计算； 6. 员工和单位承担税金，签署缴纳协议； 7. 公司按税金制定好的缴纳流程缴纳个税； 8. 缴纳成功后，发放离职完税凭证给员工，用以证明税款已经缴纳，确保社会保障权益。