运费直接从货款扣除的做账，需要分几个环节来进行： 1．在发票里记录货款原始数额； 2．在发票上将货款和运费直接扣除，得到货款净额； 3．记录货款净额到账户或其它记账处； 4．对于货款净额的扣除，应把运费单独记录出来，记入货物收支项中； 5．在每月末或所定时间，计算出运费费用并把它们记入到应付账款里； 6．结束后，把货款净额、运费费用和税务成本就行核算，确定最后的账务结果。 拓展知识：除了运费直接扣除，企业还可以采取运费分批扣除的方式，即每次一部分运费用由本批货量负担，一部分由客户负担，有效的降低运费的账务处理成本。