保险保障基金扣除的标准主要包括：1.按每月最低工资标准比例扣除；2.根据全国最低工资标准比例扣除；3.根据企业发放的月度工资或季度工资比例扣除；4.根据当地政府允许的比例扣除；5.根据企业发放的年度绩效工资比例扣除。拓展知识：保险保障基金是指企业在雇主与员工之间建立的一项强制性保险，是用来提高员工福利水平，保障员工正常生活和职业发展的一种金融机构。