航空运输电子客票行程单可以通过旅客自行申请抵扣。抵扣的具体流程是，旅客乘坐的航空公司提供的电子客票代码，通过航空公司官网申请，或者拨打客服电话索取，即可在机场报检时使用电子客票行程单进行抵扣。 例如，许小明乘坐“东风航空”航班到北京。他先在“东风航空”官网根据订单号申请抵扣，将获取到的电子客票代码凭借到机场报检口，即可完成抵扣。