答案是肯定的，工程款增值税专票可以被抵扣，这是由中华人民共和国税务总局颁布的《企业所得税税前抵扣规定》规定的。工程款增值税专票的抵扣程序如下：企业必须在申报增值税时，将支付给供应商的工程款增值税专用发票抵扣在内。增值税法第三十七条规定，企业依法确定的应纳税额中，可以扣除与购买货物、接受劳务有关的税收征收适用的进项税额，以及依法确定的其他合法税前抵扣项目。