货运代理费和运费有一定的不同，货运代理费包括实际发货收发，仓储收发，报关，单证，货物保管，安排航班，编制订单等相关服务的费用，这是在货物收发的处理和运输的中间环节因此是货主与货运代理之间的费用，而运费是货物运输的费用，是把货物从发货点送至到货点的费用。举个例子，货主让货运代理公司为其办理货物运输的相关事宜，则货运代理公司需要为货主提供实际发货收发，仓储收发，报关，单证，货物保管，安排航班，编制订单等相关服务，货主需要为此支付不同费用，其中包括货运代理费，运费等等，而货运代理费的金额由双方经协商确定。