控股子公司破产时，母公司借款的处理方式取决于母公司与子公司之间的关系。如果母公司是子公司的投资者，则母公司可以在子公司破产时，向子公司提出对借款债权的索赔，并要求子公司进行偿还。但是，由于子公司破产，子公司很可能无力偿还，这时母公司可以向司法机关提出抗辩，要求进行赔偿。此外，如果母公司不是子公司的投资者，而是为子公司提供借款服务，那么母公司可以向子公司提出债权追索要求，要求子公司进行偿还。