处理进项发票已入账未认证的跨年应该按以下步骤进行： （1）先对输入的发票进行初次审核，以确定发票上的金额和货物是否属实、其他所有信息是否完整； （2）进行记账处理，将发票记入财务会计凭证，将未完全认证的发票收入进行记入应收和应交税费等账户； （3）根据发票已开立的实际情况，进行全面的审核，一旦发现有疑问，需要及时采取措施，以便及时更正或查证； （4）根据审核后的结果，及时更正会计凭证，将未认证的货物或服务记录到应收或应付中； （5）最后，将发票数据完全准确地保存在财务系统中，便于以后的调整和查询。