处理两免三减半中暂时性差异的最佳方案是根据当前实际情况来考虑。一般来说，最好是把当前暂时性差异转化为永久性差异，以便及时处理。在大多数情况下，暂时性差异会随着某些变动而发生。例如，某企业的财务成本可能会随着经济形势的变化而发生变化，从而导致企业支出的暂时性差异上升。因此，可以调整公司的操作，让暂时性差异转化为永久性差异，以减少后期的经济支出。此外，还可以利用金融工具来减少暂时性差异，例如利用保险来减轻企业在突发状况下对财务支出所带来的差异，以便降低风险并得以处理这些暂时性差异。