增值税进项发票认证的方式主要有：①实物发票认证，包括电子验证和纸质发票认证；②网上申报单据认证，如金税盘认证、增值税企业网上申报认证；③自行领取认证；④财务凭证认证；⑤其他认证。比如经营者提供的电子数据进行认证、企业自行验证等。 应用案例：企业在报销进项税时，必须经过进项税发票认证，才能确保发票真实有效，以此避免企业损失。