在小规模疫情期间，普通发票免税的错开成3%/5%的情况下，如果不冲红，直接申报的话会有一定的影响。以一家工程建设公司A为例，A公司在一般纳税人申报时，由于疫情期间3%/5%普通发票免税错开，如果A公司没有对发票进行冲红操作，而是照常申报3%或者5%的税率，那么根据税法规定A公司可能会被追缴相应差额。比如A公司开具了一张金额为100元，税率为5%普通发票，但是A公司没有冲红该发票，直接申报税率为3%，则该笔发票的应补缴税款为2元。因此，在小规模疫情期间，如果不在发票上冲红，而是直接进行申报，就可能被要求追缴超出税额的差额，因此要确保自身的合规性，最好还是冲红后再申报最安全。