自然人转让其所持股权缴税，应当依照《中华人民共和国税收法》及有关规定办理，税种主要是股权转让所得税。根据相关规定，应缴纳的税款按照转让所得价格的十五份之一计算，即按照当事人实际转让的股权的价格的十五份之一计算，同时还需要缴纳个人所得税，相关纳税义务人应在股权转让后按照有关规定缴纳税款。此外，对于已发生股权转让行为，应及时缴清税款，并配合税务机关开展审计、核实等工作，以确保税款的正确申报。