通用机打发票虽然也可以用于本入账，但是与传统方式相比还是存在一定的不足之处。首先，通用机打发票只能打印出一张基本发票信息，不能生成可追溯性强的有效凭据，无法实现发票信息的防伪和追溯查询；其次，该类型的发票的安全性较低，易遭受篡改、窜改；最后，由于计算机与传统发票的数据记录存在差异，审计部门对通用机打发票的审计能力也会产生相应的影响。 尽管通用机打发票可能并不能完全取代传统的本入账方式，但它仍然有一定的应用价值。例如，通用机打发票可以有效解决传统发票录入、存储及审核环节繁琐的问题，可以有效提高企业的凭证处理速度。另外，该类型的发票还可以通过数据挖掘的手段，帮助企业分析出用户的消费趋势，进而实现更精准的市场定位。