进口商品海关专用缴款书双抬头录入申请抵扣的方法主要有以下几个步骤： 一、确认货物和服务抵扣申请书：抵扣申请书应附上商品名称、申报日期、金额结构等规定内容； 二、分析抵扣申请人的权限：抵扣申请人的权限在《进口商品海关专用缴款书管理办法》（海关总署令第66号）中有明确规定； 三、准备抵扣申请书双抬头录入申请：货主在抵扣申请书上填写海关注册登记代码和单位名称，并将抵扣申请书录入财务系统； 四、抵扣申请书双抬头录入申请审核：抵扣申请书双抬头录入申请需要审核，审核批准后，申请人可以缴纳实际金额并进行抵扣。 案例： 小明公司是一家进口货物的进口商。小明想要在海关申报货物抵扣，他按照进口商品海关专用缴款书管理办法准备好了抵扣申请书，并将抵扣申请书中的货物名称、申报日期、金额结构等规定内容填写清楚，并在抵扣申请书上填写海关注册登记代码和单位名称，将抵扣申请书录入小明公司的财务系统。最后，小明的抵扣申请书双抬头录入申请经过审核批准后，小明公司成功完成了抵扣申请。