法定代表人变更后，经营所得不能办理的主要原因是因为变更之后的法定代表人登记入税务登记系统并未通过审核，导致系统中没有显示出变更之后的法定代表人。因此，要解决这一问题，就必须要求变更法定代表人之后，在登记入税务登记系统前，在税务部门先进行审批，确认审批通过之后，方可登记入税务登记系统。 拓展知识：税务部门采取统一审批的方式来管理企业的法定代表人变更，有助于建立和完善企业的内部控制体系，并加强企业对财务状况和变更情况的监督管理。