总分公司之间有关联交易时，应该把收入和成本抵消。当总分公司有关联交易时，收入和成本将合并作为一个整体进行计算，而不是单独计算每个公司的收入和成本。总分公司之间关联交易可能包括货物交易、技术交易、服务交易等。把收入和成本抵消时，应考虑影响报季度所得税的营收、利润总额的情况，并确保所得税的计算准确无误。另外，还应当注意是否存在不同总分公司之间的抵消，以及各自的利润是否会受到影响。