三方协议的发票开给委托方是为了让委托方能够对铁路运费的支付有一个完整的财务档案跟踪，而机车作业费是由发运方支付的，但铁路部门发票却开给了我们，为了避免纠纷的发生，我们需要和发运方协商，让发运方把机车作业费以应付账款的形式支付给我们，并出具相应的发票以证明支付记录。比如，我们可以向发运方出具一份正式的发票，其内容包括：发票日期、发票金额、机车作业费等内容，并要求发运方在发票上签字确认并加盖公章，以证明月支付的情况。