如果要将已抵扣入账的农产品增值税进项税额转出，改成农产品增值税进项税额核定扣除，应该按照以下步骤操作：1、先在财务管理软件中开设新的科目，用于存放农产品增值税进项税额核定扣除的科目；2、将原有的科目中的农产品增值税进项税额转出至新开设的科目；3、将未转出的部分以销项税额减征；4、进行期末结转，将科目清零。 农产品增值税进项税额核定扣除是农业企业在缴纳增值税期间，可以直接从申报的增值税销项税额中扣减的税款，以减少缴纳增值税的负担。可以根据企业的实际情况，有效利用农产品增值税进项税额核定扣除方式，减少企业的税负负担。