对于申报增值税说，如果自动生成的税额比账上多3分，可以减掉3分，因为根据个人所得税法（收入法）第十条第三项，纳税人有权按照财务会计准则，如实报出应纳税收入，依法确定应纳税额。此外，应遵照《扣缴义务人税收管理条例》第六条，发生金额争议的，应按发票金额或实际收款金额，按有关规定扣缴个人所得税。因此，在这种情况下，纳税人可以按实际交税金额减掉3分，也可以根据发票金额所确定的税额扣缴，只需要对税额差异作相应记录即可。