运输公司的运输部门的车辆折旧费，应当直接放入主营业务成本，在累计折旧栏内做出相应的调整。具体案例如下：某运输公司在2018年12月收购了一批新车辆，将其折旧费用置入主营业务成本，同时将其累计折旧调整为2018年12月31日的固定资产累计折旧减去2018年日前的固定资产累计折旧。因此，运输公司运输部门的车辆折旧费应该直接放入主营业务成本，并在累计折旧栏进行相应的调整以反映该车辆的折旧费用。