对于单位代扣公积金的账务处理，首先需要单位按照国家关于公积金的规定，每月定期向当地公积金管理中心报送本月代扣的公积金总额，同时将凭证报送至当地公积金管理中心。其次，单位需要在自身账务系统中做好与公积金代扣相关的账务处理，并记录好本月代扣的公积金总额，以及员工每月代扣公积金的明细，以便于查询和核对。此外，单位还需要认真学习有关公积金的规定，确保每月的公积金代扣工作按照规定实施，以保证公积金的正常流转和管理。