土地增值税清算有滞纳金的处理，要遵循《中华人民共和国土地增值税暂行条例》（以下简称《土地增值税条例》）的有关规定，包括但不限于以下几点： 一、申报滞纳金时需遵守相关税收管理机关的规定，按照税收管理机关的要求，满足滞纳金申报的条件。 二、滞纳金税率按照“地方税务机关公告的税收行政处罚滞纳金税率”执行。 三、滞纳金申报者需要填写滞纳金申报表，附件中需要提供与申报滞纳金有关的证明材料。 四、滞纳金不得向逾期未缴税款对应的应税收入扣除，需要向税务机关支付滞纳金。 拓展：土地增值税也称为个人土地使用税，是国家对个人取得土地所得的一种税收。它的税率一般在2%-6%之间，根据政府的政策和经济发展情况，有时会进行调整。它的征收对象主要是个人，而不是企业，因此它的征收面更加广泛，对个人的经济活动有很大的影响。