个体工商户开票的个税税率为3%。根据《中华人民共和国个人所得税法》，个人所得税的税率分为四类：3%、10%、20%和25%。3%的税率适用于收入不超过4000元的个人；10%的税率适用于收入在4000元至80000元之间的个人；20%的税率适用于收入在80000元至200000元之间的个人；25%的税率适用于收入超过200000元的个人。