这种情况是极其常见的，大部分企业存在报销问题，针对这种情况，一般处理方式有两种：第一种是将发票上的税率变为核定的6%，同时申报时需要提交税务文书，证明是6%的税率；第二种是核实发票与实际支付金额是否一致，确认发票开票后支付之间存在差异，支付金额应改为发票金额，申报时也要附上发票和其他文书证明。在处理上述情况时，应当做到清晰注明，以免造成税务检查的难题。 虽然处理这种情况十分麻烦，但依据《中华人民共和国税收征收管理法》，对于发票税额差异处理还是十分必要的。比如，2017年苏州一家公司在处理发票税额差异问题时，申报税额以发票实际税额为准，并附加证明材料的，税务机关给予了照顾。因此，在实际操作中，应参考该情况，以发票实际税额为准，并附加相关证明材料。