是的，企业申请高新企业认定时，缴纳个税和加计扣除情况会影响最终的申请结果。缴纳个税是企业的必要义务，加计扣除是减免税收的一种方式，是政府营造支持企业创新发展的良好环境。当申请高新企业认定时，需要在认定标准中考虑企业的缴纳个税和加计扣除情况，以便判断企业的技术创新水平和财务状况是否符合高新企业的要求。如果企业没有按税务要求履行税收缴纳义务，或者没有办理加计扣除税收，则可能影响最终申请高新企业的结果。