基层卫生院年末药品过期破损，可分为两种情形处理：1、待处理库存药品，应当按照固定流程，先将药品转到管理费用，再进行销毁；2、如果发现销毁的药品数量与库存量不符，首先应该查证，确定是否真有在库存中多出的药品，如果确认不存在滞留性药品，可申请财政部门承担过期破损资金，并进行分录，应当记录完整的收支情况：一支凭证的贷方应当记录“经财政部门拨付的过期破损资金”，借方则记录“过期破损药品”。 拓展知识：关于药品销毁，应注意以下几点：1、应以诊所或机构拥有者负责，销毁药品时具有完整的清单；2、销毁过程中不得出现任何未经授权的操作，销毁时需保证药品不被任何人在使用；3、药品有重要成分时，按照有关规定，进行特殊处理，如有毒性成分的药品，必须在规定的环境下清理；4、药品销毁工作必须有记录，防止不合规的操作。